Limpar o site de vírus

O site começou recentemente a receber vírus, não está claro onde e por quê. O vírus de alguma forma adiciona código JS nas páginas do site, que bloqueia a própria página, e ao clicar em qualquer área, ele redireciona para vários sites maliciosos e de publicidade. Antivírus no site não alertam, mas os usuários não conseguem usar o site. Inicialmente, o vírus apareceu como um arquivo separado, que conseguimos deletar e foi isso, após verificar novos arquivos no servidor. Agora nosso antivírus no site não mostra nem qual arquivo é suspeito no servidor. É urgente curar o site e ter certeza de encontrar e cobrir a brecha no site pela qual o vírus entra.