Hacer un archivador de proyectos PHP

Hay una idea para hacer la siguiente funcionalidad, no sé cuán factible es, pero si es así, entonces el costo y el tiempo son de interés. En general, lo que necesitas hacer es tener un proyecto PHP donde todo en el proyecto pase por un archivo índice, incluso conectando scripts y estilos, ejecutando un cron, etc. Necesito lanzar un script PHP en la carpeta con el proyecto y que encuentre el archivo índice que recoja todo en un solo archivo con el nombre, por ejemplo - index.pack.php - luego este archivo planeo codificarlo con Zend o IonCube, respectivamente, necesitas empaquetar de manera que estos encriptadores no tengan problemas con la encriptación de archivos. Index.pack.php también debe incluir imágenes y fuentes de los archivos de estilo.